Вопрос: 

Транспортно - экспедиторская компания (далее по тексту - ТЭК) работает с НДС на общеустановленном режиме по договорам с иностранными Поставщиками (по договору экспедиторских услуг по организации перевозки грузов в железнодорожном подвижном составе, далее - по договору ТЭО) берет вагоны в пользование для перевозки груза со станции А до станции Б – технический рейс.
В данный момент вагоны эксплуатируются под технические рейсы по следующим направлениям:
А) Со станции которая расположена на территории КЗХ до станции находящейся на территории УЗБ, то есть в международном сообщении, далее вагоны переставляются по территории Узбекистана на следующего Клиента.
За перестановку вагонов после выгрузки от текущего Клиента для передачи новому Клиенту, наша Компания ТЭК приобретает коды у Компания нерезидента.
Б) Со станции находящейся по территории УЗБ до станции на территории КЗХ, то есть также в международном сообщении, после выгрузки груза на станции в КЗХ, вагоны в порожнем состоянии направляем под следующую погрузку по Казахстану, под погрузку на Узбекистан, груженые и порожние коды по КЗХ оплачивает сам ТЭК посредством своего ЕЛС КТЖ ГП.

1: Так как вагоны являются собственностью страна Украина (на основании договора на оказания услуг транспортно-экспедиционных услуг), а договор у нас с Поставщиком который, дислоцируются в Австрии, возникает ли у нас НДС и КПН за нерезидента? Возникает ли еще какие-либо налоги кроме положенного НДС на комиссию 6010 и положенного КПН который, все оплачивают в конце каждого года за свои доходы?  
2: Так как вагоны в которых Компания организовывает перевозку груза, являются собственностью страна Россия, а Договор на предоставление услуг у нас заключен с поставщиком который дислоцируются в Гонконге (Китай), возникает ли у Компании НДС и КПН за нерезидента? 

Ответ Председателя Комитета государственных доходов МФ РК от 27 января 2023 года на вопрос от 22 ноября 2022 года № 759950: 

В рассматриваемом случае представленная информация не достаточна для квалификации вида дохода. 

Вместе с тем, представляем общеустановленный порядок налогообложения по интересующим Вас вопросам. 

Статьей 644 Кодекса Республики Казахстан «О налогах и других обязательных платежах в бюджет» (Налоговый кодекс) определены доходы нерезидента из источников в Республике Казахстан. 

Пунктом 1 статьи 645 Налогового кодекса определено, что доходы из источников в Республике Казахстан юридического лица-нерезидента, деятельность которого не приводит к образованию постоянного учреждения в Республике Казахстан (далее в целях настоящей главы - нерезидент), облагаются корпоративным подоходным налогом у источника выплаты без осуществления вычетов. 

При этом сумма корпоративного подоходного налога, удерживаемого у источника выплаты, исчисляется налоговым агентом путем применения ставок, установленных статьей 646 Налогового кодекса, к сумме доходов, указанных в статье 644 Налогового кодекса, за исключением доходов, указанных в пункте 9 настоящей статьи. 

Исчисление и удержание корпоративного подоходного налога по доходам, облагаемым у источника выплаты, производятся налоговым агентом:
1) не позднее дня выплаты доходов нерезиденту - по начисленным и выплаченным доходам;
2) не позднее срока, установленного пунктом 1 статьи 315 Налогового кодекса для представления декларации по корпоративному подоходному налогу, - по начисленным и невыплаченным доходам, которые отнесены на вычеты.

Пунктами 1 и 2 статьи 646 Налогового кодекса установлено, что доходы нерезидента из источников в Республике Казахстан подлежат налогообложению у источника выплаты по следующим ставкам, если иное не установлено пунктами 2 и 3 настоящей статьи:
1) доходы, определенные статьей 644 Налогового кодекса, за исключением доходов, указанных в подпунктах 2) - 5) настоящего пункта, - 20 процентов;
2) страховые премии по договорам страхования рисков - 15 процентов;
3) страховые премии по договорам перестрахования рисков - 5 процентов;
4) доходы от оказания услуг по международной перевозке - 5 процентов;
5) доходы от прироста стоимости, дивиденды, вознаграждения, роялти - 15 процентов. 

Доходы лица, зарегистрированного в государстве с льготным налогообложением, включенном в перечень, утвержденный уполномоченным органом, определенные статьей 644 настоящего Кодекса, подлежат налогообложению у источника выплаты по ставке 20 процентов. 

Таким образом, доходы нерезидента из источников в Республике Казахстан подлежат обложению корпоративным подоходным налогом у источника выплаты в Республике Казахстан. 

Согласно пункту 1 статьи 373 Налогового кодекса если иное не предусмотрено пунктом 2 данной статьи, выполненные работы, оказанные услуги нерезидентом на возмездной основе, местом реализации которых признается Республика Казахстан, при приобретении их плательщиком налога на добавленную стоимость являются оборотом такого плательщика налога на добавленную стоимость по приобретению работ, услуг от нерезидента, который подлежит обложению налогом на добавленную стоимость в соответствии с Налоговым кодексом. 

Место реализации работ, услуг, определяется согласно статьям 378, 441 Налогового кодекса и Договора ЕАЭС (в случае заключения договора с резидентом страны – участницы ЕАЭС). 

Соответственно, если местом реализации услуг признается Республика Казахстан, то у плательщика налога на добавленную стоимость возникает обязательство по исчислению и уплате налога на добавленную стоимость с оборота по приобретению работ, услуг от нерезидента.